Het vrijeschoolonderwijs wordt gegeven in twee verschillende vormen: periodeonderwijs en vaklessen. Iedere schooldag begint met periodeonderwijs: in de eerste twee lesuren wordt gedurende enkele weken een specifiek vak gegeven, bijvoorbeeld wiskunde, Nederlands, biologie of (kunst)geschiedenis. Leerlingen en leraar krijgen middels deze vorm de gelegenheid om zich gezamenlijk intensief voor een aaneensluitende periode te verdiepen in de lesstof. Deze periodes kennen een eigen, thematische leerlijn, waarbij zowel ontwikkelingsgerichte doelen als vakinhoudelijke (soms ook examen voorbereidende) elementen met elkaar worden verweven. Omdat het inspelen op vragen en interesses van leerlingen een essentieel onderdeel is, ontstaat een actieve leerhouding, waarbij de leerlingen zich stevig kunnen verbinden met de lesstof. Alle leerlingen volgen de periodelessen in hun eigen klas, hun eigen ‘basisgroep’, ongeacht vakkenpakket of examenniveau. Zo ontstaat een veilige sfeer, waarin klassengesprekken met diepgang goed kunnen plaatsvinden. Ook het gevoelsleven en de wil worden aangesproken. Deze benadering geldt voor alle vakken, dus ook voor bijvoorbeeld Engels of Wiskunde.

Zelfstandig werken wordt steeds belangrijker vanaf klas 9. Ook de vorming van goede gewoontes, waarden en normen, is een belangrijk pedagogisch doel. In klas 10 en 11 wordt tevens gewerkt aan de oordeelsvorming. Hoe kom je tot een juiste beoordeling van jezelf, de ander(en), de maatschappij en de wereld? Het gaat hier naast het groepsproces vooral ook om een individueel proces, waarbij eerst het exacte denken en daarna het ‘vrije’ denken ontwikkeld wordt. In klas 9 staat de competentie ‘zelfstandig werken’ centraal. Er wordt gekeken of de leerling zelfstandig aan een opdracht kan beginnen, of hij of zij doorgaat met het werk en of hij of zij zelfstandig tot een eindproduct kan komen, dat op tijd wordt ingeleverd en naar behoren is. Het regelmatig spiegelen van de eigen werkhouding bevordert de zelfkennis van de leerling. In klas 9 gebeurt dit spiegelen door de mentor in algemene zin en door de diverse leraren voor wat betreft hun eigen vak. In klas 9, 10 en 11 lopen de leerlingen ook stage. Daarin onderkennen we houdingsgerichte stages, bedoeld om de leerling een werkhouding aan te leren, en beroepsgerichte stages, waarin leerlingen de ruimte hebben om een vakgebied naar keuze te verkennen.